26.05.09 다주택자 중과배제 기한만료로 인하여 발생할 세금문제

안녕하세요, 파이넌스 세무회계 세무사 이재황입니다.

다주택자 양도소득세 중과배제 관련 기한이 2026년 5월 9일에 만료됩니다.
기한만료 이후에는 기존에 배제·완화받던 중과세가 다시 적용되거나 요건이 바뀌어, 보유·양도 시 세금 부담이 커질 수 있습니다.

1. 다주택자 중과배제 규정에 대한 설명

소득세법 제167조의 10 [ 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위(2018.02.13 신설) ]
소득세법 제167조의 3 [ 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위(2003.12.30 신설) ]

조정대상지역에 해당하는 다주택자의 경우 주택 양도 시 양도소득세가 중과되며, 장기보유특별공제가 배제됩니다.

하지만 해당 규정으로 인하여, 2026년 5월 9일 이전까지 양도하는 경우에 한하여 다주택자라도 중과하지 않고 일반세율을 적용해 주는 것입니다.

최초 규정은 2022.05.31 신설되어 2023년 5월 9일까지 양도하는 분만 적용되었습니다.

일몰 전 계속하여 연장되어 이번에도 연장될 거라 믿었던 분이 많았으나, 연장되지 않고 만료될 예정입니다.

1-2. 정부 보완 방안(한시적 유예 및 실거주 의무 완화)

정부는 다주택자 양도소득세 중과를 부활시키되, 2026년 5월 9일 이전에 체결한 매매 계약에 대해서는 한시적으로 유예 제도를 운영하기로 했습니다. 기획재정부·국토교통부·금융위원회가 2월 12일 언론 브리핑에서 발표한 보완 방안으로, 토지거래허가구역 임차인 보호와 매도 의지가 있는 다주택자에게 처분 기회를 주는 취지입니다.

현재 기준 중과가 적용되는 대상은 조정대상지역(서울 전역, 경기 12개 시) 소재 주택을 양도하는 다주택자입니다. 기본세율 6~45%에 2주택자는 20%포인트, 3주택자 이상은 30%포인트가 가산됩니다. 다만 해당 지역 주택을 2년 이상 보유한 뒤 2026년 5월 9일까지 양도하면 중과가 유예되고, 5월 9일까지 매도 계약만 체결한 경우에도 잔금·등기 일정에 따라 중과를 면할 수 있습니다.

지역별 유예 기한은 다음과 같습니다.

강남구·서초구·송파구·용산구
→ 5월 9일 이전에 매매 계약 체결 후, 계약일로부터 4개월(최장 9월 9일) 안에 잔금·소유권 이전 등기를 완료하면 양도세 중과가 적용되지 않습니다.
그 밖의 조정대상지역
→ 5월 9일 이전 계약 후 6개월(11월 9일) 안에 양도(잔금·등기 완료)하면 중과가 적용되지 않습니다.

재정경제부 세제실장은 "현행대로라면 5월 9일까지 잔금 정산 또는 소유권 이전 등기가 완료되어야 중과가 면제되나, 토지거래허가 등 거래 제도를 고려해 국민 불편을 줄이기 위해 보완했다"고 설명했습니다.

토지거래허가구역 실거주 의무도 완화됩니다. 전·월세로 임대 중인 주택은 실거주 의무가 임대차계약의 최초 계약 종료일까지 유예되며, 늦어도 2028년 2월 11일까지는 입주해야 합니다. 주택담보대출 실행 후 전입신고 의무는 '대출 실행일로부터 6개월' 또는 '임대차계약 종료일로부터 1개월' 중 더 늦은 시점까지로 유예됩니다. 이 실거주·전입신고 유예는 다주택자가 조정대상지역 주택을 무주택자에게 매도하는 경우에 한해 적용됩니다.

정부는 위 내용을 반영한 소득세법 시행령·부동산거래신고법 시행령 개정안을 2월 13일부터 입법예고하고, 2월 중 공포·시행할 예정입니다. 실제 적용 시에는 최종 공포된 시행령과 국세청·국토부 안내를 확인하는 것이 좋습니다.

2. 중과배제로 인하여 얻을 수 있었던 혜택

1주택자가 양도할 때에 비하여
2주택자의 경우 기본세율에 20%,
3주택자의 경우 기본세율에 30% 가 추가로 적용됩니다.

현재 일반세율 최고세율은 45퍼센트이지만,
2주택자는 최고 65퍼센트, 3주택 이상은 최고 75퍼센트 수준까지 올라가며 장기보유특별공제도 배제됩니다.

여기에 지방소득세가 추가로 붙기 때문에(산출된 양도소득세의 10퍼센트),
실제 체감되는 부담은 더 무겁게 느껴질 때가 많습니다.

특히 양도차익이 큰 경우에는,
중과 적용 여부 하나만으로 '손에 들어오는 현금'이 완전히 달라집니다.

[세부담 비교(예시)]
- 일반세율 적용 + 장기보유특별공제 적용 가능 여부에 따라
- 중과 적용 + 장기보유특별공제 배제 여부에 따라
→ 최종 세액이 2배 이상 벌어지는 케이스가 흔합니다.

(아래 금액 예시는 이해를 돕기 위한 단순 예시이며,
실제 세액은 보유기간, 취득가, 필요경비, 거주요건, 주택 수 산정, 지역 등에 따라 달라집니다.)

[세부담비교]

 일반세율 적용시 : 620,466,000원 (장기보유특별공제 30% 적용)
 중과세율 적용시 : 1,640,000,000원 (장기보유특별공제 배제)

3. 기한만료 이후에 발생할 수 있는 세금 문제

기한이 만료되면 가장 먼저 바뀌는 건 단순합니다.

"팔았을 때 내 손에 남는 돈"이 크게 달라질 수 있습니다.

3-1. "5월 9일까지 계약"이면 끝이 아니라, 양도 완료 기한이 붙습니다

정부는 다주택자 양도소득세 중과 유예를 2026년 5월 9일 예정대로 종료하되, "거래 현실(잔금·등기 지연)"을 고려해 '양도분 기준' → '계약분 기준' 으로 유예 대상을 보완하겠다고 밝혔습니다. 법제처 입법예고

[원칙]
- 2026-05-09 이후 양도: 중과 적용

[보완(입법예고안)]
- 2026-05-09까지 매매계약 체결한 경우
- 계약일로부터 4개월(예외: 특정 신규 지정 조정대상지역은 6개월) 내에 양도한 경우에 한해
→ 중과 배제(유예) 적용

이 "4개월/6개월"은 법제처 입법예고 문구로 확인되는 내용이고, 예외로 "2025년 10월 16일 신규 지정된 조정대상지역은 6개월"이 명시되어 있습니다.

즉, "계약일만 보고 안심"하면 안 되고, 계약 후 잔금/등기까지 일정이 완주되는지가 핵심입니다.

3-2. 토지거래허가구역 '실거주 의무' 완화: 세입자 낀 매물이 핵심입니다

토지거래허가구역 + 조정대상지역 내에서
다주택자가 소유한 임대 중인 주택을
무주택 세대 구성원이 매수하는 경우,
(일정 요건 충족 시) 실거주 의무를 "당장"이 아니라 임대차 최초 종료일 기준으로 뒤로 미뤄준다

법제처 입법예고에는 "대통령령으로 정하는 기간"을 임대차계약 또는 전세권설정계약의 '최초 종료일부터 2년' 으로 본다는 식으로 들어가 있습니다. 법제처 입법예고

[토지거래허가구역 세입자 낀 매물에서 생기는 문제]
- 매수자는 실거주 의무 때문에 "전세/월세 낀 집"을 못 사려 함
→ 매도(처분) 자체가 막힘

[정부 보완 방향(입법예고)]
- 다주택자 → 무주택자에게 매도하는 경우에 한해
- 실거주 의무를 '임대차 최초 종료일' 기준으로 유예(그 이후 2년 범위)
→ 세입자 보호 + 매도 가능성 확대

3-3. 주택담보대출 전입 의무도 완화되지만, 조건이 붙습니다

기사에 나온 "대출 실행 후 전입신고 의무 유예"는, 토지거래허가구역 실거주 의무 완화와 같은 맥락입니다. 세입자 보호 + 거래 성사를 위해 "즉시 전입" 강도를 낮추는 방향입니다.

다만 이 부분도 모든 거래가 아니라, 다주택자의 조정대상지역 주택을 무주택자에게 매도하는 경우에 한해 운영된다는 제한이 붙어 있습니다.

- 전입/실거주 의무 완화는 "거래 활성화"가 목적이지만,
- 적용대상은 '다주택자 → 무주택자' 거래로 제한되는 방향
→ 내 거래가 여기에 해당하는지 먼저 분류가 필요

3-4. 일정이 흔들리는 대표 원인들

임차인 퇴거(명도) 지연
대출 실행 지연(서류, 심사, 규제 이슈)
매수인의 잔금 자금 사정
등기 일정 지연(서류 미비, 말소/설정 이슈)
매도인의 대체주택 마련 문제

기한이 가까워질수록, 이런 변수 하나로 "기한을 넘기는" 상황이 생길 수 있어서 계약을 빨리 쓰는 것보다, 잔금/등기까지 '완주 가능한 일정'인지가 핵심입니다.

4. 상담/컨설팅이 필요하다면

이번 이슈는 '세율 계산'보다 먼저 일정 리스크(잔금·등기 지연) 와 거래 구조(무주택자 매수 여부 / 토지거래허가구역·조정대상지역 해당 여부 / 임대차 종료일) 를 먼저 정리해야 안전합니다.

상담/컨설팅이 필요하시면, 아래 내용을 포함하여 연락하시면 수월한 답변이 가능합니다.

[상담 시 준비하면 좋은 자료]
- 보유 주택 수(세대 기준) 및 대상 주택 주소
- 조정대상지역/토지거래허가구역 해당 여부
- 임대차 유무 및 최초 계약 종료일
- 매매 일정(계약일/잔금일/등기 예정일)
- 예상 매도가 및 취득가/필요경비 증빙 가능 자료

참고

상황에 따라 유료 상담으로 전환 될 수 있습니다