동물병원에서 발생하는 진료수입은 진료 대상과 진료 목적, 실제 제공한 용역에 따라 부가가치세 과세 및 면세가 구분됩니다.
2023년 10월부터 반려동물의 질병 치료를 포함한 주요 진료항목의 면세 범위가 확대되었으며, 2026년 1월 1일부터는 10종이 추가되어 총 112종의 진료항목이 면세 범위에 포함되었습니다.
예방접종, 검사, 수술 및 질병 치료 등의 진료용역은 관련 법령과 고시에서 정한 면세대상에 해당하는지 확인해야 합니다. 반면 동물병원에서 별도로 판매하는 사료나 용품, 질병의 예방 및 치료와 관계없는 서비스는 과세 여부를 별도로 판단합니다.
동물병원은 진료 대상과 진료 목적 및 세부 진료항목을 기준으로 면세 여부를 결정하고, 과세매출과 면세매출을 구분하여 부가가치세 신고에 반영합니다.
이 글에서는 2026년 시행 규정을 기준으로 동물병원의 면세 진료범위, 진료와 의약품 판매의 구분, 과세 및 면세 혼합 거래의 회계처리를 설명합니다.
1. 동물병원 진료용역의 부가가치세 면세 기준
동물병원에서 수의사가 제공하는 진료용역은 관련 법령에 따라 일정한 범위에서 부가가치세가 면제됩니다.
면세 여부를 판단할 때에는 먼저 진료 대상 동물과 진료 목적을 확인합니다.
동물 진료용역의 주요 면세 유형은 다음과 같습니다.
| 구분 | 면세대상 진료용역 | 주요 판단기준 |
|---|---|---|
| 가축 진료 | 법령에서 정한 가축에 대한 진료 | 진료 대상 동물 |
| 수산동물 진료 | 법령에서 정한 수산동물에 대한 진료 | 진료 대상 동물 |
| 장애인 보조견 진료 | 법령상 장애인 보조견에 대한 진료 | 보조견 해당 여부 |
| 기초생활수급자가 기르는 동물의 진료 | 수급자가 기르는 동물에 대한 진료 | 보호자의 수급자 해당 여부 |
| 질병의 예방 및 치료 목적 진료 | 농림축산식품부 고시에서 정한 진료용역 | 진료 목적과 세부 진료항목 |
일반적인 반려동물 진료에서는 질병의 예방 및 치료 목적에 해당하는지와 고시상 면세항목인지가 주된 판단기준입니다.
반면 가축이나 수산동물, 장애인 보조견 등은 법령에서 정한 별도의 면세사유가 적용되므로 해당 대상 요건을 기준으로 판단합니다.
동일한 진료행위라도 진료 대상과 면세 근거가 다를 수 있으므로 진료관리 프로그램에서 이를 구분하여 기록하는 것이 적절합니다.
2. 2026년부터 면세 진료항목이 112종으로 확대되었습니다
2023년 10월 1일부터 반려동물의 주요 질병 예방 및 치료에 대한 부가가치세 면세 범위가 확대되었습니다.
이후 농림축산식품부는 2025년 8월 관련 고시를 개정하여 면세대상 진료항목 10종을 추가하였고, 해당 개정사항은 2026년 1월 1일부터 시행되었습니다.
이에 따라 면세대상 세부 진료항목은 기존 102종에서 112종으로 확대되었습니다.
2026년에 추가된 10종
| 구분 | 추가된 면세대상 항목 |
|---|---|
| 증상 관련 | 구취, 변비, 식욕부진 |
| 질병 관련 | 간종양, 문맥전신단락 |
| 치과 및 구강 관련 | 치아 파절, 치주질환, 잔존유치, 구강종양, 구강악안면 외상 |
위 항목은 2026년 1월 1일부터 새롭게 면세 범위에 포함된 항목입니다.
따라서 해당 증상이나 질병의 예방 및 치료를 목적으로 제공하는 진료용역이 고시상 면세 범위에 해당하면 부가가치세를 면제하여 처리합니다.
다만 질병이나 증상의 명칭만으로 모든 관련 시술이 면세대상이 되는 것은 아닙니다.
실제 제공한 진료가 해당 항목의 예방 및 치료에 해당하는지, 고시와 진료기록에 부합하는지를 기준으로 판단합니다.
또한 2025년까지의 진료수입에 대해서는 해당 진료일 당시 시행되던 규정을 적용합니다.
3. 예방접종과 검사 및 수술은 진료 목적을 기준으로 구분합니다
농림축산식품부 고시는 질병의 예방 및 치료 목적 진료용역을 다음 다섯 가지 범주로 구분하고 있습니다.
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진찰 및 입원관리
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접종 및 투약
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검사
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증상에 따른 처치
-
질병의 예방 및 치료
각 범주에 해당하는 구체적인 면세대상은 고시 별표에서 정하고 있습니다.
진찰 및 입원관리
동물의 건강 상태를 확인하고 질병을 진단하거나 치료하기 위한 진찰은 고시상 면세대상에 해당하는지 판단하여 처리합니다.
입원관리 역시 실제 진료 목적과 제공한 용역을 기준으로 면세 여부를 결정합니다.
질병 치료를 위한 입원관리와 단순한 반려동물 위탁관리 또는 호텔 서비스는 구분해야 합니다.
예방접종 및 투약
질병을 예방하기 위한 예방접종과 고시에서 정한 투약은 면세대상 진료용역에 포함됩니다.
예방접종 과정에서 사용하는 백신이나 의약품이 해당 진료용역의 일부로 제공되는 경우에는 진료용역의 과세 여부에 따라 처리합니다.
반면 완제품 형태의 제제를 동물병원에서 단순히 구입하는 거래는 고시상 접종 및 투약의 면세 범위에서 제외됩니다.
따라서 실제 수의사의 진료와 투약이 이루어진 거래인지, 의약품을 별도로 판매한 거래인지를 구분해야 합니다.
검사 및 진단
질병의 예방이나 치료를 위해 시행하는 혈액검사, 영상검사 등은 고시 별표에서 정한 면세대상 여부를 기준으로 처리합니다.
검사 자체가 별도의 진료항목으로 청구되더라도 관련 고시에 따른 면세대상에 해당한다면 면세 진료수입으로 기록합니다.
수술 및 처치
질병의 예방과 치료를 위해 시행하는 수술이나 처치는 고시에서 정한 면세 범위에 해당하면 면세 진료수입으로 처리합니다.
반면 질병의 예방 및 치료와 관계없는 미용 목적의 시술은 별도의 면세 근거가 없는 한 과세대상으로 처리합니다.
동일한 부위에 대한 수술이더라도 질병 치료를 목적으로 시행한 것인지, 외형을 변경하기 위한 목적인지에 따라 판단결과가 달라질 수 있습니다.
따라서 수술명뿐 아니라 진단명과 수술 목적을 함께 확인해야 합니다.
4. 의약품 투약과 별도 판매는 구분하여 처리합니다
동물병원에서는 진료 과정에서 의약품을 사용하기도 하고, 보호자에게 의약품을 별도로 판매하기도 합니다.
두 거래는 부가가치세 처리에서 구분해야 합니다.
진료 과정에서 의약품을 사용하는 경우
수의사가 질병을 예방하거나 치료하기 위해 직접 투약하는 경우에는 해당 투약이 진료용역의 일부에 해당하는지 판단합니다.
고시상 면세대상인 진료용역에 포함되는 투약이라면 관련 진료대금을 면세수입으로 처리합니다.
의약품을 별도로 판매하는 경우
보호자가 동물병원에서 완제품 의약품을 구입하는 경우에는 진료용역의 면세 여부와 별도로 재화의 공급에 대한 과세 여부를 판단합니다.
예를 들어 보호자가 진료를 받지 않고 완제품 형태의 예방약을 단순히 구입한 거래라면, 그 거래는 고시에서 정한 접종 및 투약의 면세 범위에 포함되지 않습니다.
이 경우 해당 의약품 판매가 부가가치세 과세대상 재화의 공급에 해당한다면 공급가액과 부가가치세를 구분하여 상품매출로 처리합니다.
사료 및 반려동물 용품 판매
동물병원에서 별도로 판매하는 처방사료, 일반사료, 간식 및 반려동물 용품은 진료용역과 구분하여 재화의 공급에 따른 과세 여부를 판단합니다.
일반적인 과세대상 사료와 용품 판매는 상품매출과 부가세예수금으로 기록합니다.
동물병원에서 판매한다는 사실이나 수의사의 권고에 따라 구매했다는 사실만으로 진료용역의 면세규정을 적용하지 않습니다.
5. 과세 및 면세 진료수입의 회계처리
숫자 사례로 살펴보면
일반과세 동물병원 A에서 다음과 같은 거래가 발생했다고 가정하겠습니다.
질병 치료를 위한 진료용역은 고시상 면세대상에 해당하며, 별도로 판매한 반려동물 용품과 미용서비스는 부가가치세 과세대상에 해당하는 거래입니다.
| 거래 내용 | 결제금액 | 부가가치세 구분 |
|---|---|---|
| 질병 치료 목적의 면세 진료 | 220,000원 | 면세 |
| 반려동물 용품 판매 | 55,000원 | 과세 |
| 질병 치료와 무관한 미용서비스 | 110,000원 | 과세 |
| 합계 | 385,000원 |
위 금액은 회계처리를 설명하기 위한 예시 금액이며, 고객이 모든 대금을 당일 카드로 결제한 것으로 가정합니다.
① 과세 및 면세매출 계산
면세 진료용역의 공급대가 220,000원은 전액 면세 진료수입입니다.
과세 상품 판매금액 55,000원은 공급가액 50,000원과 부가가치세 5,000원으로 구분합니다.
과세 미용서비스 110,000원은 공급가액 100,000원과 부가가치세 10,000원으로 구분합니다.
| 구분 | 공급가액 또는 면세수입 | 부가가치세 | 결제금액 |
|---|---|---|---|
| 면세 진료수입 | 220,000원 | 없음 | 220,000원 |
| 과세 상품매출 | 50,000원 | 5,000원 | 55,000원 |
| 과세 용역매출 | 100,000원 | 10,000원 | 110,000원 |
| 합계 | 370,000원 | 15,000원 | 385,000원 |
② 매출 발생 시 분개
카드사로부터 결제대금을 정산받기 전이므로 결제금액을 미수금으로 기록합니다.
| 차변 | 금액 | 대변 | 금액 |
|---|---|---|---|
| 미수금 | 385,000원 | 진료수입(면세)* | 220,000원 |
| 상품매출 | 50,000원 | ||
| 과세용역매출* | 100,000원 | ||
| 부가세예수금 | 15,000원 | ||
| 합계 | 385,000원 | 합계 | 385,000원 |
진료수입과 과세용역매출은 거래유형을 구분하기 위해 설정한 사용자 정의 매출 계정입니다. 실제 장부에서는 계정과목표에 있는 매출 계정 또는 별도 설정 계정으로 관리합니다.
면세 진료수입 220,000원은 부가가치세 없이 기록하고, 과세매출 150,000원에 대한 부가가치세 15,000원은 부가세예수금으로 기록합니다.
카드사에서 결제금액을 정산받을 때에는 미수금을 감소시키며, 카드 가맹점수수료가 차감되었다면 해당 금액을 지급수수료로 구분합니다.
③ 회계처리 및 신고 결과
| 항목 | 금액 |
|---|---|
| 면세매출 | 220,000원 |
| 과세표준 | 150,000원 |
| 매출세액 | 15,000원 |
| 총 매출액 (부가세 제외) | 370,000원 |
| 카드 결제금액 | 385,000원 |
이 사례에서는 면세 진료수입 220,000원을 면세매출로, 과세 상품 및 용역의 공급가액 150,000원을 부가가치세 과세표준으로 처리합니다.
부가가치세 매출세액은 15,000원이며, 장부상 총매출액은 370,000원입니다.
6. 진료관리 프로그램의 과세 및 면세 설정을 관리합니다
동물병원은 진료관리 프로그램에서 진료항목별 금액을 설정하고, 실제 결제금액을 카드단말기와 연결하여 관리하는 경우가 많습니다.
따라서 진료관리 프로그램에 등록된 과세 및 면세 구분이 현행 고시와 일치하는지 확인해야 합니다.
진료항목별 과세 구분
진료항목을 등록하거나 수정할 때에는 다음 사항을 확인합니다.
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실제 진료 목적과 진료내용
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고시상 면세 진료항목 해당 여부
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면세 적용 시작일
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의약품 투약과 단순 판매의 구분
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진료와 별도 상품 판매의 구분
특히 2026년부터 면세 범위에 추가된 10종의 진료항목은 실제 제공한 진료내용과 고시 적용시점을 확인하여 프로그램의 과세 및 면세 설정에 반영합니다.
한 번에 결제한 과세 및 면세거래
보호자가 면세 진료와 과세 상품을 함께 결제하는 경우에는 거래명세에서 각각의 금액을 구분해야 합니다.
진료관리 프로그램에서는 면세 진료수입과 과세 상품매출을 각각 집계하고, 카드결제 총액은 두 금액의 합계와 일치하도록 관리합니다.
결제 및 매출자료 대조
진료관리 프로그램의 수입자료는 카드 승인금액, 현금영수증 발급내역, 계좌이체 및 환불내역과 대조합니다.
매출자료를 집계할 때에는 동일한 결제를 진료관리 프로그램과 카드사 자료에서 중복하여 매출로 기록하지 않도록 관리합니다.
7. 면세 진료와 과세매출의 매입세액을 구분합니다
동물병원이 면세 진료와 과세 상품 판매 등을 함께 운영하는 경우에는 매입세액 처리에도 차이가 발생합니다.
면세사업에 직접 사용하는 재화와 용역에 대한 매입세액은 부가가치세 신고 시 공제받지 않습니다.
반면 과세사업에 직접 사용하는 재화와 용역의 매입세액은 매입세액공제 요건을 충족하면 공제합니다.
과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하는 지출 중 실제 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 관련 법령에 따라 안분계산합니다.
| 매입 항목 | 매입세액 처리 |
|---|---|
| 면세 진료에 직접 사용하는 재화 및 용역 | 매입세액 불공제 |
| 과세 상품 판매에 직접 사용하는 재화 및 용역 | 공제요건 충족 시 공제 |
| 과세 및 면세사업에 공통으로 사용하는 비용 | 실지귀속 확인 후 공통매입세액 안분 |
| 과세 및 면세사업에 공통 사용하는 의료장비 등 | 자산의 실제 용도와 관련 규정에 따라 처리 |
공제받지 못하는 매입세액은 해당 지출의 성격에 따라 자산 취득원가 또는 비용에 반영합니다.
공통매입세액의 안분계산과 정산, 의료장비 취득 관련 처리는 별도의 「동물병원 공통매입세액 안분계산」에서 상세히 다룹니다.
8. 동물병원 과세 및 면세 구분에서 자주 발생하는 오류
| 잘못된 처리 | 문제점 | 처리 기준 |
|---|---|---|
| 모든 동물 진료수입을 과세매출로 처리 | 면세 진료용역에 부가가치세 부과 | 진료 대상과 고시상 면세범위 확인 |
| 모든 동물 진료수입을 면세매출로 처리 | 면세대상이 아닌 용역 누락 | 진료 목적과 실제 제공한 용역 구분 |
| 2026년 추가 면세항목을 과세로 유지 | 개정 고시의 면세 범위 미반영 | 2026년 1월 1일 이후 거래에 개정 규정 적용 |
| 단순 의약품 판매를 진료용역에 포함 | 의약품 판매와 투약용역 혼동 | 재화 판매와 진료용역 구분 |
| 사료 및 용품매출을 면세 진료수입으로 처리 | 과세 상품매출 누락 | 상품매출과 부가세예수금 구분 |
| 미용 목적의 서비스를 질병 치료로 처리 | 진료 목적에 따른 과세 여부 오류 | 실제 시술 목적과 면세 규정 확인 |
| 한 건의 결제금액을 모두 면세로 처리 | 과세 상품 및 용역의 부가가치세 누락 | 거래항목별 과세 및 면세매출 분리 |
| 면세 진료 관련 매입세액을 전액 공제 | 불공제 매입세액 발생 | 직접귀속과 공통매입세액 구분 |
동물병원은 같은 보호자가 진료와 상품 구매를 동시에 진행하는 경우에도 각각의 거래에 적용되는 부가가치세 규정을 구분해야 합니다.
특히 진료관리 프로그램의 과세 및 면세 설정이 실제 진료내역과 일치하도록 관리하고, 관련 고시 개정사항을 진료항목에 반영해야 합니다.
9. 별도 검토가 필요한 거래
다음 거래는 일반적인 반려동물 진료와 상품 판매 외에 별도로 검토해야 합니다.
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장애인 보조견 및 기초생활수급자가 기르는 동물의 진료: 진료 대상에 따른 별도 면세규정 적용
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가축 및 수산동물 진료: 법령에서 정한 동물의 범위와 면세사유 확인
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미용 목적의 수술: 질병 치료를 위한 수술과 구분
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검진과 미용 등이 결합된 상품: 실제 제공한 용역별 과세 및 면세 구분
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완제품 의약품 판매: 진료 과정의 투약과 별도 재화 판매 구분
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보험회사나 지방자치단체의 진료비 지원: 실제 진료용역과 지급금액의 대가관계 확인
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과거 진료비의 환불 및 정정: 진료 당시 적용되던 면세규정과 매출 조정 여부 확인
정리
동물병원의 진료수입에 대한 부가가치세는 다음 순서로 관리합니다.
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진료 대상 동물이 법령상 별도 면세대상에 해당하는지 확인합니다.
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일반 반려동물은 실제 진료 목적과 고시상 면세항목을 대조합니다.
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2026년부터 확대된 면세 진료항목의 적용시점을 확인합니다.
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진료 과정의 투약과 별도 의약품 판매를 구분합니다.
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진료수입과 상품 및 기타 서비스 매출을 구분합니다.
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과세매출은 공급가액과 부가가치세를 나누어 기록합니다.
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면세 진료수입은 별도로 집계하여 신고자료에 반영합니다.
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진료관리 프로그램과 카드 및 현금영수증 자료를 대조합니다.
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면세 진료 관련 매입세액과 공통매입세액의 공제 여부를 확인합니다.
동물병원의 부가가치세는 진료 대상과 진료 목적, 실제 제공한 용역에 따라 과세 및 면세를 구분합니다.
2026년 1월 1일부터 확대된 면세 진료항목은 개정 고시를 적용하고, 과세대상 상품과 기타 서비스는 공급가액과 부가가치세를 구분하여 처리합니다.
진료관리 프로그램에 과세 및 면세 구분을 반영하고 실제 결제자료와 대조하면 부가가치세 신고에 필요한 과세표준과 면세수입금액을 정확하게 집계할 수 있습니다.