동물병원 진료수입 및 매출 회계처리

동물병원의 진료수입과 상품매출을 구분하고, 카드 정산 및 결제수수료, 미수진료비, 환불내역을 장부에 반영하는 회계처리 방법을 설명합니다.

이재황 세무사 · 작성 2026-11-10

동물병원은 진찰과 검사, 수술, 입원관리 등 다양한 진료용역을 제공하고 진료비를 수령합니다. 일부 동물병원에서는 의약품과 사료, 반려동물 용품을 별도로 판매하기도 합니다.

이러한 매출은 진료용역과 상품 판매를 구분하고, 부가가치세 과세 여부에 따라 장부에 반영해야 합니다.

또한 진료가 완료되었더라도 카드대금이 아직 입금되지 않았거나 보호자가 진료비 일부를 나중에 지급하는 경우에는 미수금이 발생합니다.

동물병원의 매출은 진료와 상품 공급내역을 기준으로 인식하고, 카드 정산액과 미수금, 환불금액은 별도로 회계처리합니다.

이 글에서는 동물병원의 진료수입과 상품매출을 구분하는 방법, 카드 결제 및 정산, 미수진료비와 환불내역의 회계처리를 설명합니다.


1. 동물병원 매출은 진료수입과 상품매출로 구분합니다

동물병원에서는 진료비뿐 아니라 의약품이나 사료, 반려동물 용품 등의 판매수입이 함께 발생할 수 있습니다.

진료수입은 수의사가 제공하는 진료용역의 대가이며, 상품매출은 재화를 별도로 판매하여 발생하는 수입입니다.

매출 유형주요 내용회계처리 기준
진찰 및 검사초진, 재진, 혈액검사, 영상검사진료수입
수술 및 처치수술, 치료, 응급처치진료수입
입원 및 치료관리입원 중 진료 및 처치진료수입
예방접종 및 투약진료 과정에서 제공하는 접종과 투약진료수입
의약품 별도 판매진료와 구분하여 판매하는 의약품상품매출 등
사료 및 용품 판매처방사료, 일반사료, 반려동물 용품상품매출

동물병원의 회계처리에서는 실제 제공한 진료용역과 판매한 재화를 기준으로 매출을 분류합니다.

예를 들어 진료 과정에서 투약한 의약품이 진료용역의 일부라면 관련 진료수입으로 처리합니다. 반면 의약품을 별도의 재화로 판매한 경우에는 해당 판매거래의 성격에 따라 매출을 기록합니다.

하나의 결제금액에 진료비와 상품 판매대금이 함께 포함된 경우에도 진료내역과 판매명세를 기준으로 각각 구분해야 합니다.


2. 진료수입은 실제 진료용역의 제공시점을 기준으로 인식합니다

동물병원의 매출은 보호자로부터 현금을 수령하거나 카드대금이 입금된 날짜만으로 결정하지 않습니다.

진료용역을 제공한 시점과 결제 및 정산시점을 구분해야 합니다.

당일 진료 후 결제하는 경우

진료를 완료하고 보호자가 당일 진료비를 결제하였다면 해당 진료수입을 매출로 인식합니다.

카드, 현금 및 계좌이체 등 결제수단은 매출 수령방법을 구분하기 위한 항목입니다.

실제 매출액은 제공한 진료용역의 대가를 기준으로 계산합니다.

진료 후 나중에 결제하는 경우

진료를 완료했지만 보호자가 진료비를 나중에 지급하기로 한 경우에는 미수금을 기록합니다.

이후 보호자가 진료비를 지급하면 미수금을 감소시키고 보통예금이나 현금 등을 증가시킵니다.

따라서 진료 완료 시점에는 매출이 발생하고, 대금을 수령할 때에는 미수금을 회수하는 것으로 처리합니다.

입원 및 장기간 치료하는 경우

입원이나 장기간 치료는 진료용역의 제공기간과 정산시점이 다를 수 있습니다.

개별 진료와 검사가 완료될 때마다 대가가 확정되는 계약인지, 일정 기간의 입원관리와 치료를 하나의 용역으로 제공하는 계약인지 확인해야 합니다.

진료내역과 청구조건에 따라 해당 기간에 제공한 용역의 매출을 인식하고, 선납금이나 미수금은 구분하여 처리합니다.

진료수입은 실제 제공한 진료용역과 계약상 대가의 확정 여부를 기준으로 기록하며, 아직 지급받지 못한 진료비는 미수금으로 관리합니다.


3. 과세 진료와 면세 진료는 매출을 구분하여 기록합니다

동물병원의 진료수입은 실제 진료항목에 따라 부가가치세 과세와 면세가 구분됩니다.

2026년 1월 1일부터 시행되는 고시에서는 질병의 예방 및 치료 목적에 해당하는 진료용역의 면세 범위를 규정하고 있습니다.

면세대상 진료용역은 부가가치세 없이 진료수입 전액을 매출로 기록합니다.

반면 부가가치세가 과세되는 진료용역이나 상품 판매는 공급가액과 부가가치세를 구분하여 기록합니다.

구분매출 회계처리
면세 진료용역진료비 전액을 면세매출로 기록
과세 진료용역공급가액은 매출, 부가가치세는 부가세예수금
과세 상품 판매공급가액은 상품매출, 부가가치세는 부가세예수금

동일한 카드 결제금액에 면세 진료비와 과세 상품 판매대금이 포함되었다면 각각의 거래금액을 나누어 기록해야 합니다.

특히 결제단말기나 병원 관리프로그램에서 과세 및 면세 구분이 실제 진료내역과 일치하는지 확인해야 합니다.

진료 항목별 면세 범위는 농림축산식품부 고시를 기준으로 판단하며, 구체적인 적용요건은 별도의 「동물병원 진료용역의 부가가치세 과세 및 면세 구분」에서 설명합니다.


4. 카드 매출과 카드사 정산입금액은 구분합니다

동물병원의 진료비는 신용카드나 체크카드로 결제하는 경우가 많습니다.

카드 결제가 이루어지면 카드매출이 발생하지만, 카드사는 가맹점수수료를 차감한 금액을 일정 기간 후 동물병원 계좌로 입금합니다.

이때 동물병원의 매출은 카드사에서 입금된 순액이 아니라 고객에게 제공한 진료용역과 상품의 실제 판매금액을 기준으로 인식합니다.

카드 결제 및 정산구조

진료비 결제부터 카드사 입금까지의 흐름은 다음과 같습니다.

진료 완료 및 카드 승인 → 카드매출 인식 → 카드사 수수료 차감 → 정산대금 입금

카드매출액과 카드사 정산입금액의 차이는 주로 카드 가맹점수수료 등 정산 차감항목에서 발생합니다.

따라서 카드매출액을 기준으로 매출을 인식하고, 카드사에서 차감한 수수료는 지급수수료로 처리합니다.

카드대금이 입금되기 전까지의 금액은 미수금 등으로 관리합니다.

카드사 매출자료 대조

카드매출과 정산내역을 확인할 때에는 다음 항목을 대조합니다.

  • 카드 승인금액
  • 승인취소 및 부분취소 내역
  • 카드사별 정산대상 금액
  • 카드 가맹점수수료
  • 실제 입금금액
  • 정산 예정이지만 아직 입금되지 않은 금액

카드대금이 다음 달에 입금되는 경우에도 해당 매출이 발생한 기간과 실제 입금기간을 구분하여 장부에 반영합니다.


5. 진료수입과 카드 정산 회계처리

숫자 사례로 살펴보면

일반과세 동물병원 A에서 하루 동안 다음과 같은 매출이 발생했다고 가정하겠습니다.

진료는 당일 완료되었으며, 면세 진료와 과세 상품 판매가 함께 이루어졌습니다.

항목금액
면세 진료수입300,000원
과세 상품 판매금액 (부가세 포함)55,000원
총 결제금액355,000원
카드 결제금액255,000원
현금 결제금액100,000원

위 금액은 회계처리를 설명하기 위한 예시 금액입니다.

과세 상품 판매금액 55,000원은 공급가액 50,000원과 부가가치세 5,000원으로 구성됩니다.

따라서 이날 발생한 매출은 다음과 같습니다.

구분금액
면세 진료수입300,000원
과세 상품매출 공급가액50,000원
부가세예수금5,000원
총 수납대상 금액355,000원

① 진료 및 상품 판매 시

카드로 결제한 255,000원은 미수금으로, 현금으로 결제한 100,000원은 현금으로 기록합니다.

차변금액대변금액
미수금255,000원진료수입*300,000원
현금100,000원상품매출50,000원
부가세예수금5,000원
합계355,000원합계355,000원

진료수입은 별도로 설정한 매출 계정입니다. 실제 장부에서는 사용하는 계정과목표에 맞추어 기존 매출 계정 또는 사용자 설정 계정으로 관리합니다.

면세 진료수입 300,000원은 부가가치세 없이 매출로 기록합니다.

과세 상품매출은 공급가액 50,000원과 부가세예수금 5,000원으로 구분합니다.

② 카드사 정산대금 입금 시

카드사에서 결제금액 255,000원 중 가맹점수수료 5,000원을 차감하고 250,000원을 입금했다고 가정하겠습니다.

카드 가맹점수수료의 부가가치세 처리는 별도로 구분할 금액이 없는 거래를 전제로 합니다.

구분금액
카드 승인금액255,000원
카드 가맹점수수료-5,000원
실제 입금금액250,000원

카드사 정산입금 시

차변금액대변금액
보통예금250,000원미수금255,000원
지급수수료5,000원
합계255,000원합계255,000원

카드사에서 지급받은 250,000원은 미수금 회수로 기록하고, 차감된 카드 가맹점수수료 5,000원은 지급수수료로 처리합니다.

③ 최종 회계처리 결과

항목금액
면세 진료수입300,000원
과세 상품매출50,000원
부가세예수금5,000원
카드 가맹점수수료5,000원
현금 수납액100,000원
카드사 정산입금액250,000원
정산 완료 후 미수금0원

동물병원의 하루 매출은 부가가치세를 제외한 350,000원이며, 부가세예수금은 5,000원입니다.

현금 수납액 100,000원과 카드사 입금액 250,000원의 합계는 350,000원이지만, 이는 카드수수료 차감 후 실제로 수령한 금액입니다.

매출은 면세 진료수입 300,000원과 과세 상품매출 50,000원으로 인식하고, 카드수수료 5,000원은 지급수수료로 처리합니다.


6. 미수진료비와 선납금은 별도로 관리합니다

동물병원에서는 진료가 완료되었지만 보호자가 진료비를 나중에 지급하거나, 입원 및 수술 전에 진료비를 미리 수령하는 경우가 있습니다.

이러한 금액은 일반적인 당일 결제와 구분하여 회계처리합니다.

미수진료비

진료용역을 완료하고 진료비 청구금액이 확정되었지만 대금을 수령하지 못한 경우에는 미수금으로 처리합니다.

예를 들어 면세 진료비 200,000원을 청구하고 나중에 지급받기로 했다면 다음과 같이 기록합니다.

진료 완료 시

차변금액대변금액
미수금200,000원진료수입200,000원

진료비 수령 시

차변금액대변금액
보통예금200,000원미수금200,000원

진료를 완료한 시점에 수입을 인식하고, 이후 입금액은 미수금 회수로 처리합니다.

진료비 선납금

수술이나 입원 전에 보호자로부터 진료비를 먼저 수령하였고, 아직 해당 진료용역을 제공하지 않았다면 선납금의 성격에 따라 선수금으로 처리합니다.

이후 진료가 완료되어 수입으로 인식할 때 선수금과 진료수입을 대체합니다.

다만 장기간에 걸쳐 제공하는 진료용역은 실제 계약내용과 용역 제공 및 대가 확정시점에 따라 기간별 수익 인식을 검토해야 합니다.

미수진료비는 미수금으로, 진료 제공 전에 받은 선납금은 선수금으로 관리하고 실제 진료수입 인식시점에 정리합니다.


7. 진료비 환불과 결제취소는 매출 발생 여부에 따라 처리합니다

동물병원에서 이미 결제한 진료비를 취소하거나 일부 환불하는 경우에는 환불사유와 실제 제공한 진료내역을 확인해야 합니다.

진료 전에 예약이나 결제가 취소된 경우

아직 진료용역을 제공하지 않았고 예약금이나 선납금 등을 돌려주는 경우에는 선수금 등 기존 부채를 정리합니다.

진료수입으로 인식한 금액이 없다면 매출 취소도 발생하지 않습니다.

이미 청구한 진료비를 감액하는 경우

진료비 청구금액을 사후에 감액하기로 합의하고 실제 진료대금이 줄어든 경우에는 해당 매출을 조정합니다.

면세 진료수입의 감액은 관련 매출에서 조정하고, 과세매출을 감액하는 경우에는 공급가액과 부가가치세를 함께 조정합니다.

카드 결제를 취소하거나 일부 취소했다면 카드사 취소내역과 장부상 매출 조정금액을 대조해야 합니다.

이미 제공한 진료와 별도로 보상금을 지급하는 경우

진료비 감액과 별개로 보호자에게 손해배상금이나 합의금 등을 지급하는 경우에는 해당 지급금의 성격을 확인해야 합니다.

이는 진료대금 자체의 감액과 다른 거래이므로 계약과 합의내용을 기준으로 관련 비용 또는 부채를 처리합니다.


8. 진료수입과 실제 수납금액을 대조합니다

동물병원에서는 진료관리 프로그램의 청구금액, 카드 승인자료, 현금영수증 발급내역, 통장 입금액이 서로 다르게 나타날 수 있습니다.

따라서 결제수단별 매출자료만 확인하기보다 실제 진료 및 상품 판매내역을 기준으로 전체 수입금액을 대조해야 합니다.

진료관리 프로그램 확인

진료관리 프로그램에서는 다음 항목을 확인합니다.

  • 진료일과 진료내역
  • 진료비 청구금액
  • 진료항목별 과세 및 면세 구분
  • 상품 판매내역
  • 할인 및 환불내역
  • 미수진료비와 선납금

결제 및 정산자료 확인

카드사와 현금영수증, 통장자료에서는 다음 항목을 확인합니다.

  • 카드 승인금액과 취소금액
  • 현금영수증 발급금액
  • 계좌이체 수납액
  • 카드 가맹점수수료
  • 카드사 실제 입금금액
  • 정산 미입금액

특히 현금영수증과 카드 승인자료는 결제 사실을 보여주는 자료이므로 진료관리 프로그램의 매출자료와 중복하여 매출을 기록하지 않아야 합니다.

매출대사 기준

동물병원의 매출대사는 다음 관계를 기준으로 확인합니다.

진료 및 상품 판매대금 = 현금 수납액 + 카드 결제액 + 계좌이체 수납액 + 미수금 증가액 - 선수금 등 별도 조정액

위 관계는 수납 기준으로 정리한 기본 구조입니다. 실제 대사에서는 기초 미수금 회수, 기말 미수금, 선납금의 매출 대체, 환불과 취소 등을 구분하여 반영해야 합니다.

카드매출의 경우에는 승인금액과 수수료, 실제 입금액을 연결하여 정산 미수금을 확인합니다.


9. 동물병원 매출 회계처리에서 자주 발생하는 오류

잘못된 처리문제점처리 기준
카드사 입금액을 그대로 매출로 처리카드수수료 차감 및 정산시점 차이 미반영카드 승인금액과 수수료 구분
면세 진료와 과세 상품 판매를 합산부가가치세 과세표준 구분 오류실제 진료 및 판매내역별 구분
진료비 미수금을 매출에서 누락진료 완료 후 미수금 미반영매출 인식과 미수금 회수 구분
선납한 진료비를 전부 즉시 매출로 처리아직 제공하지 않은 용역에 대한 수입 인식선수금과 진료수입 구분
카드 취소내역을 장부에 반영하지 않음매출 및 정산 미수금 과대계상승인취소와 환불내역 반영
진료관리 프로그램과 카드매출자료를 각각 매출로 기록동일 거래 중복계상진료내역과 결제자료 대조
상품 판매금액을 모두 진료수입으로 처리진료용역과 재화 판매의 구분 오류상품매출 별도 인식
카드수수료를 매출에서 직접 차감매출과 비용이 구분되지 않음지급수수료로 처리

동물병원의 매출은 실제 제공한 진료용역과 판매한 상품을 기준으로 계산합니다.

카드사 정산입금액은 매출과 별도로 관리하고, 카드수수료와 미수금 및 환불금액을 각각 해당 계정에 반영해야 합니다.


10. 별도 검토가 필요한 거래

다음 거래는 일반적인 진료수입과 카드 정산 외에 별도의 회계 및 세무처리가 필요합니다.

  • 반려동물 보험금 직접청구 및 지급: 보호자와 보험회사 사이의 보험금 지급방식, 병원의 실제 채권관계 확인
  • 보호자 선납금과 입원보증금: 반환조건과 진료용역 제공시점에 따른 선수금 및 매출 인식
  • 장기간 입원 및 치료: 진료용역의 기간별 제공내용과 대가 확정시점
  • 동물병원 멤버십 및 선불 진료권: 선불대금과 실제 진료 제공시점 구분
  • 진료비 할인 및 무상진료: 판매가격 감액, 무상 제공 및 별도 비용의 성격 구분
  • 의약품 별도 판매: 진료 과정의 투약과 재화 판매의 부가가치세 구분
  • 진료 관련 분쟁 및 보상금: 진료비 환불과 별도 손해배상금 구분

11. 실무 정리

동물병원의 진료수입과 매출은 다음 순서로 관리합니다.

  1. 진료관리 프로그램에서 진료 및 상품 판매내역을 확인합니다.
  2. 진료수입과 별도 상품매출을 구분합니다.
  3. 진료항목별 부가가치세 과세 및 면세 여부를 확인합니다.
  4. 진료 및 상품 공급시점에 매출을 인식합니다.
  5. 카드, 현금 및 계좌이체 등 결제수단별 수납금액을 대조합니다.
  6. 카드사 수수료를 지급수수료로 처리하고 정산 미입금액을 관리합니다.
  7. 미수진료비와 선납금을 각각 미수금 및 선수금으로 구분합니다.
  8. 환불과 카드 승인취소 내역을 장부에 반영합니다.
  9. 진료관리 프로그램과 카드사 자료, 통장 입금액 및 매출 장부를 대조합니다.

동물병원의 진료수입은 실제 제공한 진료용역을 기준으로 인식하고, 상품 판매와 부가가치세 과세 및 면세매출을 구분합니다.

카드 결제액은 정산입금액과 별도로 관리하고, 카드수수료는 지급수수료로 처리합니다. 미수진료비와 선납금은 각각 미수금 및 선수금으로 기록하며, 환불과 결제취소는 실제 매출 조정 여부에 따라 처리합니다.

진료관리 프로그램과 결제 및 정산자료를 항목별로 대조하면 동물병원의 실제 매출액과 장부상 수입금액을 일치시킬 수 있습니다.

참고 법령 및 판례5건

법령

  • 부가가치세법 제15조(재화의 공급시기) | https://www.law.go.kr/법령/부가가치세법/제15조
  • 부가가치세법 제16조(용역의 공급시기) | https://www.law.go.kr/법령/부가가치세법/제16조
  • 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) | https://www.law.go.kr/법령/부가가치세법/제26조
  • 부가가치세법 시행령 제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위) | https://www.law.go.kr/법령/부가가치세법시행령/제35조

판례 및 실무자료

  • 농림축산식품부고시 제2025-92호(부가가치세 면제대상인 동물의 진료용역) | https://www.mafra.go.kr/bbs/home/792/589942/download.do
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